在口袋妖怪火红的关都地区,与科研相关的实验室主要分布在少数几个明确的地点,而非遍布各地,其中最重要的两个科研场所在游戏的不同阶段推动剧情和提供关键功能。游戏初期的核心科研地点是大木博士位于纯白镇,也常被称为真新镇的研究所,这是玩家冒险的起点,玩家需要在此领取初始宝可梦和宝可梦图鉴,该研究所是镇上最显眼的建筑之一。而进入游戏中期,进行化石复活这一特定功能的宝可梦实验室则位于红莲岛上,该实验室是玩家旅程后期需要专门造访的重要地点。

大木博士的研究所作为游戏流程中强制访问的第一个实验室,其主要功能是引导玩家开始冒险并提供基础支持,玩家从家中出发后,需要前往上方草丛区域,此时大木博士会出现并将玩家带至研究所内。在研究所内部,玩家需要从桌上的三个精灵球中选择初始宝可梦,完成与劲敌的首次对战,并在接受取回包裹的任务后,才能正式获得图鉴并开启自由探索的权限,这一系列事件构成了游戏开篇的固定剧情。这个地点虽然不具备后期复杂的交互功能,但它是所有后续流程的基石,玩家在游戏初期通常只需到访一次。

与化石复活直接相关的实验室则位于红莲岛上,该岛地处关都地区的东南部海域,玩家通常需要掌握冲浪技能或乘船才能抵达。这个宝可梦实验室坐落在红莲岛区域的左下方位置,其核心功能便是将玩家获得的化石复活为对应的古代宝可梦。要触发这一功能,玩家首先需要在游戏前期的探索中获取化石道具,例如在月见山的深处击败特定对手后,可以从两个化石中选择其一获得,这些化石是使用实验室服务的必备前提。这使得前往红莲岛的实验室成为一项有前置条件的、目标明确的任务。
红莲岛的宝可梦实验室内部设有专门的化石复活机器,当玩家将获得的化石交给实验室内的博士后,复活过程并不会立即完成,通常博士会告知玩家需要等待一段时间,在此期间玩家可以自由活动。除了复活化石这一主要服务外,该实验室内部还可能存在提供宝可梦交换功能的非玩家角色,这为希望扩充图鉴的玩家提供了额外的互动机会。该岛本身也是第七个道馆的所在地,因此前往红莲岛通常意味着玩家已进入游戏中后期阶段,实验室的访问也自然地融入到了该区域的整体探索流程之中。

游戏中还存在一些具备类似科研或特殊功能的次要地点,例如位于双子岛的宝可梦研究中心,其部分功能与红莲岛实验室有相似之处,但通常认为其作用相对有限或单一。而在主线剧情中,位于彩虹市的火箭队游戏中心地下也隐藏着一个非法的秘密基地,其内涉及到宝可梦的改造实验,虽然性质不同,但在游戏叙事中也扮演了类似对抗邪恶科研据点的角色。玩家在常规通关流程中必须找到并利用的实验室主要指纯白镇的起点研究所和红莲岛的化石复活设施,它们的位置和功能都在游戏剧情中有清晰的指引和安排。